Né à Leipzig, Stephan Thoss a complété sa formation de danseur à l’école Palucca à Dresde, dans l’ex-Allemagne de l’Est. Encouragé par Patricio Bunster, ancien soliste chez Kurt Jooss et, par la suite, directeur du Ballet national du Chili, Thoss va ensuite étudier pendant trois ans la danse expressionniste allemande, selon les théories de Rudolf Laban.
En 1983, après un engagement à l’Opéra national de Dresde, Thoss entame une carrière de soliste à l’Opéra comique de Berlin et au Théâtre de Kassel, avant de revenir à l’Opéra de Dresde comme soliste (1991) puis comme chorégraphe résident (1992). C’est à Dresde que vont naître ses premières créations : Les Quatre Saisons (1992, musique d’Antonio Vivaldi), L'Ile des morts (1993, Sergueï Rachmaninov), Roméo et Juliette (1994, Sergueï Prokofiev), Diable-Ange (1996, Steve Reich) et Illusion (1998, Anton Webern/Maurice Ravel).
En 1994, à l’invitation de Macia Haydée, il est chorégraphe invité au Ballet de Stuttgart où il crée un nouveau ballet sur Les Noces de Stravinski. Il est, par la suite, sollicité par quelques-unes des compagnies de danse les plus renommées du monde, parmi lesquelles le Ballet national de Bavière, le Ballet de Hambourg, le Ballet de Toscane à Florence et le NDT2.
De 1998 à 2001, Thoss assure sa première direction de ballet au Théâtre de Kiel. À ce stade de sa carrière, il a déjà créé une cinquantaine de chorégraphies, qui vont de courts solos à des ballets intégraux, ainsi que des ballets d’inspiration surréaliste, des comédies burlesques, des ballets d’action et une réinterprétation du classique Giselle.
En 2001, il quitte Kiel pour devenir directeur du ballet de l’Opéra de Hanovre, qui regroupe alors une trentaine de danseurs. Il y conçoit 20 nouvelles chorégraphies. En plus d’y revisiter des classiques comme Le Lac des cygnes (version qui sera reprise par l’Aalto Ballet Essen) et Le Sacre du printemps, il y crée un grand nombre de nouveaux ballets, notamment Obscurus, Nach Moskau et Incantation.
Thoss accepte, en août 2007, la direction artistique du ballet de l’Opéra de Wiesbaden. Sous son impulsion, cette compagnie classique prend un virage plus moderne et aborde le répertoire contemporain. En trois saisons, il présente onze productions de ballet — des ballets intégraux et des programmes triples, avec sept premières mondiales. La compagnie est reconnue pour la variété des thèmes de ses productions, d’œuvres abstraites et surréalistes, comme Heim suchen et Irr-Garten, à des réinterprétations de classiques du répertoire, telles que Giselle M., La Belle au bois dormant et Between Midnight and Dawn : Swan Lake, des jalons importants dans sa trajectoire, très populaires auprès de la presse et du public. Thoss a, en outre, des affinités avec la comédie et le burlesque, comme en témoigne les productions Boléro, No Cha-Cha-Cha et Carmencita. En 2008, il signe Poem an Minotaurus, intégrée à la production Picasso on the Move pour le Saarlaendisches Staatstheater de Saarbrucken.
Au cours des dernières années, en plus de concevoir la chorégraphie, il a aussi choisi la musique et créé les décors, les costumes et les éclairages de ses œuvres. Son esthétique visuelle minimaliste et méticuleuse ainsi que son langage chorégraphique unique rehaussent l'intensité de ses ballets.
« Nous sommes tous pris entre ce que nous sommes et ce que nous rêvons de devenir. »
En mai 2011, Les Grands Ballets Canadiens de Montréal présentaient la première nord-américaine de Searching for Home, un ballet de Stephan Thoss. En mai 2015, ils présentaient sa création La Jeune Fille et la Mort en première mondiale.
